清乾隆24年（公元1759年），定边将军兆惠平定了大小和卓之乱，自此清朝控制了整个天山南北，乾隆帝取“新拓疆土”之意命名为“新疆”。今天的新疆版图除了帕米尔高原（古称葱岭，古丝绸之路必经之地。清朝全盛时期疆域西至喷赤河，基本控制了今塔吉克斯坦75%以上的领土，）基本与当时版图相同。
一，当代新疆复杂民族结构的形成
大体上讲，新疆是由三条山脉形成的两个盆地组成。由北到南为阿尔泰山脉，准噶尔盆地，天山山脉，塔里木盆地，昆仑山脉。西面是帕米尔高原，西南部为喀喇昆仑山脉，经由海拔5000米的红其拉甫口岸与巴基斯坦相连。现代新疆人习惯上把天山以北的准噶尔盆地地区称为北疆，而把天山以南的塔里木盆地地区称为南疆。
研究新疆问题，需要把南疆和北疆的情况分开研究。实际上，南疆和北疆，无论自然环境，历史文化，宗教信仰都有非常大的区别。北疆在乾隆帝平定准部之前，是卫拉特蒙古准噶尔部的地盘，因此早期英文文献一般称这一地区为Dzungaria。从图中可以比较清楚的看出，由于北方的阿尔泰山和南方的天山大体平行，暖湿气流可以通过两山之间的谷地进入准噶尔盆地，所以北疆的自然环境相对于南疆要好很多，因此蒙古人才可能在这里放牧。北疆有乌鲁木齐，塔城，克拉玛依，阿勒泰，石河子等城市，经济发展程度高于全国平均水平。而南疆塔里木盆地由于西面被喀喇昆仑山脉（平均海拔5500米，有8000米以上高峰四座，包括世界第二高峰乔戈里峰）封闭，自然环境比较恶劣，盆地中央形成世界第二大沙漠塔克拉玛干沙漠。几个城市喀什，莎车（古称叶尔羌），和田均是建在由天山冰川融水形成的几个沙漠绿洲之上。
卫拉特蒙古即是明代所称的瓦剌（卫拉特，瓦剌，厄鲁特，均为同词异译），明代中期瓦剌曾灭二十万明军，生擒明英宗朱祁镇，史称土木之变，并围困北京城达十五天。明末至清也称其为漠西蒙古。蒙元灭亡以后，围绕在中国附近的残部通常意义上被分为漠南蒙古，漠北蒙古和漠西蒙古。漠南蒙古基本上就是今天所称的内蒙古，在蒙古各部中地位最显赫，血统被视为最高贵。明末，漠南蒙古败亡于努尔哈赤父子，末代蒙古大汗林丹汗病死，其子归降皇太极，被整个纳入后金（中国）版图。漠北蒙古又称喀尔喀蒙古，俗称外蒙古，几乎也就是今天蒙古国的势力范围。清初，漠北蒙古（由西向东分为扎萨克图汗部，土谢图汗部，车臣汗部三部）也内附了清王朝，但是与漠南蒙古不同，其与清廷的关系更像是藩属关系，即清朝中央政府对其的宗主权性质大于主权性质，由于远离统治中心，向心力弱，于是后来在苏联的鼓动下独立也不是一件特别意外的事。